Die Untersuchungsmethoden umfassen histopathologische, bakteriologische, virologische, parasitologische, mykologische, serologische und molekularbiologische Verfahren.
Das FIWI ist das vom Bund anerkannte nationale Referenzlabor für meldepflichtige Fischkrankheiten, Krebspest und die Virale Hämorrhagische Krankheit der Hirsche.